Una de las principales actividades que realiza el Centro Regional Morelia es la investigación.  El Centro Regional Desarrollan un promedio de 36 proyectos anualmente con financiamiento de la UACh, Dependencias nacionales o con fondos internacionales en las siguientes líneas de investigación: 

1. Género, cultura y etnicidad

2. Desarrollo Rural, Políticas públicas y territorialidad

3. Agrodiversidad

4. Fitosanidad

5. Mejoramiento  y Conservación de granos básicos

6. Agroecología y manejo sustentable de la tierra

Proyectos vigentes 2011-2012:

1. Mujer, género y desarrollo rural regional. Dra. Lourdes Uranga López. Resumen

2. Genero, medio ambiente y ciudadanía. Dra. Miriam Núñez Vera  Resumen

3. Equidad de género y competitividad internacional: análisis del mercado de trabajo en la agricultura y agroindustria de la región zamorana. Dra. Lourdes Barón l. Resumen

4. Región y cultura. La música popular costeña como marcador de la identidad regional. David Oseguera Parra. Resumen

5. La defensa de territorios y recursos naturales. Microhistoria de la comunidad indígena nahua de Pomaro en el estado de Michoacán. David Oseguera Parra. Resumen

6. Procesos de transformación Rur-urbanos y estrategias de unidades domésticas y grupos sociales en regiones del campo mexicano. Dra. Beatriz de la Tejera H. Resumen

7. Diagnóstico sectorial del estado de Michoacán: una aproximación multidimensional para el análisis y diseño de políticas sectoriales orientadas al desarrollo rural. Dra. Beatriz de la Tejera H. Resumen

8. Políticas públicas para el desarrollo rural en México: estudios de caso-  Dra. Martha Perales Rivas. Resumen

9. Impacto de la política agrícola estatal enfocada al subsidio de la producción y consumo de insumos agrícolas 2003-2010. Dra. Martha perales Rivas. Resumen

10. Políticas, rentabilidades y sostenibilidad de granos básicos y Cultivos comerciales-exportación en el Valle del Tepalcatepec, Michoacán. M.C. Ma. del Pilar Angón Torres

11.Los recursos genéticos de Rubus en Michoacán. Dr. Sergio Segura L.Resumen

12. Diversidad genética del capulín (Prunusserotinaehrh) en Norteamérica. Dr. Sergio Segura L. Resumen.

13. Aprovechamiento de la diversidad de especies silvestres de zarzamora para la generación de variedades mexicanas. Dr. Sergio Segura L. Resumen

14. Colecta y conservación de semilla de chirimoya (A. cherimolamill.) en los estados de Morelos, Michoacán y estado de México. Dr. Jorge Andrés Agustín. Resumen

15. Conservación y mejoramiento participativo de variedades criollas de frijol en Michoacán. Dr. Marcial Fernández R.  Resumen

16. Estudio de la diversidad de maíz en la región costa michoacana y áreas adyacentes de Jalisco y Michoacán. Dr. Alfredo Carrera Valtierra. Resumen

17. Factores asociados al necrosamiento de yemas de la zarzamora en Michoacány alternativas para su manejo. Dr. Angel Rebollar Alviter. Resumen

18. Efecto de programas de manejo sobre el progreso temporal de la peca de la guayaba en el oriente de Michoacán. Dr. Angel Rebollar Alviter. Resumen

19. Etiología y distribución de los hongos asociados  a la peca de la guayaba en el oriente de Michoacán. Dr. Angel Rebollar Alviter. Resumen

20. Etiología, incidencia  y manejo de las principales enfermedades fungosas limitantes de la producción de arándano (Vacciniumcorymbosum) en Michoacán y JaliscoMéxico. Angel Rebollar Alviter. Resumen

21. Inventario de emisión de gases efecto invernadero en Michoacán 1990-2010. Juan Pulido Secundino- Colaboración. Resumen

22. Caracterización de tipos de mieles del estado de Michoacán. M.C Darío Rivera Moctezuma. Resumen

23. Valoración y validación del uso de biofertilizantes y otros insumos orgánicos en cultivos de interés económico en el estado de Michoacán (fresa, guayaba, mango, maíz, zarzamora, trigo). Dr. Martha Perales. Resumen

24. Potencial agroecológico de la agricultura urbana y periurbana de la ciudad de Morelia, México. Dr. Angel Santos Ocampo. Resumen

25. Producción de Huevos en traspatio enriquecidos con omega 3. Dra. Lourdes Barón L.

26. Mejoramiento a la producción de maíz en una perspectiva de sustentabilidad, en la Ciénega de Zacapu, Michoacán. Dr. Marcial Fernández R. Resumen

27. Conservación y mejoramiento participativo de variedades criollas de frijol en Michoacán. Marcial Fernández R. Resumen