Se integra por unidades académicas de diferente tipo: nueve centros regionales, localizados en los estados de Sonora, Jalisco, Michoacán, Zacatecas, Estado de México, Veracruz, Oaxaca, Tabasco y Yucatán; una sede de posgrado en el estado de Chiapas; un Centro de Validación y Transferencia de Tecnología en Nayarit y una Escuela Campesina en la Costa de Oaxaca. La más antigua de estas unidades, el Centro Regional Universitario Sureste (CRUSE), ubicado en Tabasco, se encuentra en una transición para convertirse en la Unidad Regional Universitaria Sursureste (URUSSE) y se espera que en 2010 el H. Consejo Universitario apruebe su propuesta de estructura y plan de desarrollo académico, toda vez que ya aprobó en lo general y en lo particular el proyecto para la creación de esa Unidad Regional.
Corresponde al núcleo directivo del Sistema de Centros Regionales favorecer el adecuado desempeño de las funciones sustantivas y la articulación de los centros regionales. También impulsar iniciativas académicas en el seno de los cuerpos colegiados para cumplir con el doble propósito de los centros regionales: ser pertinentes en las regiones y en la sede central.
Desde esta perspectiva, el logro principal del Sistema de Centros Regionales en estos ultimos años estriba en responder amplia y satisfactoriamente a las expectativas institucionales y regionales propias del vigoroso proceso de crecimiento nacional emprendido por la institución en el marco del Plan de Desarrollo Institucional 2009-2025.
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